私の会社では、社員の自家用車（車やバイク）を業務に使っています。対象となる社員には、会社はからレンタル代が支払われています。
1ヵ月あたりの妥当な金額、いくらぐらいであれば問題ないでしょうか？
これは給与で手当として、残業単価にも組み入れなくてはなりませんか？
それとも、非課税になるのでしょうか？
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社員の自家用車を業務で使用し金銭を支払う場合は、トラブルを避けるためにも、就業規則や内規等に定めておく必要があります。
支払い金額は、通勤にも使用しているため、ガソリン１キロ当たりの単価×実際の走行距離のみとしている会社も少なくありません。
しかし、昨今のガソリン代の急騰や、社員がかけている保険料負担、事故が起きたときのこと（会社に損害賠償請求がくることもあります）など、リスクについても確認しておく必要があります。

＜自家用車（車・バイク・自転車など）での通勤した場合＞
通勤手当は、国税庁より非課税の限度額が定められています。
また、非課税となる1か月当たりの限度額は、片道の通勤距離（通勤経路に沿った長さ）に応じて、次のように定められています。（平成26年4月1日以後に支払われるべき通勤手当）
表　マイカーなどで通勤している人の非課税となる1か月当たりの限度額

片道の通勤距離	1か月当たりの限度額
2キロメートル未満	(全額課税)
2キロメートル以上 10キロメートル未満	4,200円
10キロメートル以上 15キロメートル未満	7,100円
15キロメートル以上 25キロメートル未満	12,900円
25キロメートル以上 35キロメートル未満	18,700円
35キロメートル以上 45キロメートル未満	24,400円
45キロメートル以上 55キロメートル未満	28,000円
55キロメートル以上	31,600円

1か月当たりの非課税となる限度額を超えて通勤手当を支給する場合は、超える部分の金額が給与として課税されます。
例）2キロ以上10キロ未満の距離の通勤に対して5,000円を支払っていた場合は、4,200円までが非課税、800円は課税対象　になります。

＜社員の自家用車を利用して、出張や業務に係る旅費等に代えて金銭を支給する場合＞
走行距離等の使用実績の把握と燃料費や車両維持費等の実費相当分として1km当たりいくら妥当であるかの検証を行います。
実費弁償として相当であると認められる場合は、会社は旅費等として経費処理を行い、支給を受ける社員は非課税となります。
また、実費弁償として相当であると認められるには、各人が業務のために自家用車を使用した場合の管理（車両管理台帳）を適正にしなければなりません。

＜借り上げ（レンタル）車両として手当を支給する場合＞
その車両の金額や保険料などもあり、いくらが妥当ということは一概には言えません。リース車両やレンタカーを借る場合を鑑み、１ヵ月３万円の範囲で決定している会社が多いようです。
車通勤者が多い自治体では、「自家用車の公用借上げに関する規程」を公開しているところがあります。
借り上げ手当算出、就労規則や内規作成の参考にするのはいかがでしょうか。